Komisja Fizjograficzna
Mimo licznej reprezentacji przyrodników w Towarzystwie Naukowym Krakowskim, do lat 60. uważano Oddział Nauk Przyrodniczych, Ścisłych i Lekarskich za „sierotę, której nikt nie dawał pomocy i na którą nikt nie zważał”. Dopiero Józef Majer miał przerwać ten stan rzeczy, rozbudzając ruch przyrodniczy w Towarzystwie – rok po opublikowaniu jego „Literatury Fizyografii ziemi polskiej” (1862), botanik Franciszek Herbich przedstawił projekt założenia ”Towarzystwa Nauk Przyrodniczych, zwłaszcza fizjograficznych: geologii, botaniki i zoologii”. Pomysł został wówczas odrzucony z powodu braku środków; w zamian, wzorując się na istniejącej już Komisji Balneologicznej, powołano Komisję Fizjograficzną, której głównym celem miało być „opisanie ziemi polskiej pod względem wszelkich przyrodniczych własności”.
Na pierwszym posiedzeniu w dniu 4 maja 1865 roku wybrano na przewodniczącego Ignacego Czerwiakowskiego; rok później tę funkcję przejął Franciszek Karliński. Oprócz członków Towarzystwa w skład Komisji mieli wchodzić także przybrani współpracownicy, czyli ”członkowie do współudziału w pracach i do popierania usiłowań zaproszeni”. Prace finansowano początkowo ze środków Towarzystwa, ale już od 1866 roku Komisja otrzymywała na swoją działalność odrębną dotację od Sejmu Galicyjskiego.
Komisja Fizjograficzna zajmowała się różnorodnymi dziedzinami nauk przyrodniczych. Dla uporządkowania jej prac w 1866 roku utworzono 5 sekcji: Orograficzno-Geologiczną (przewodniczący: Alojzy Alth), Chemiczną (przewodniczący: Emilian Czyrniański), Meteorologiczną (przewodniczący: Stefan Kuczyński), Botaniczną (przewodniczący: Ignacy Czerwiakowski) i Zoologiczną (przewodniczący: Maksymilian Siła Nowicki). Posiedzenia poszczególnych sekcji odbywały się nieregularnie, w zależności od potrzeb, natomiast podczas zebrań ogólnych, odbywających się raz lub dwa do roku, rozpatrywano jedynie sprawy takie jak wybór przewodniczącego i sekretarza, czy uchwalanie budżetu. Zakres działalności poszczególnych sekcji wymagał jednak ścisłej współpracy: ze wskazówek botaników i zoologów korzystała Sekcja Meteorologiczna w obserwacjach fitofenologicznych i zoofenologicznych, a Sekcja Geologiczna w badaniach paleobotanicznych i paleozoologicznych; Sekcja Chemiczna zajmowała się przede wszystkim wykonywaniem analiz dla Sekcji Geologicznej oraz Komisji Balneologicznej.
Oprócz prac na polu naukowym Komisja Fizjograficzna brała także aktywny udział w życiu publicznym, na przykład prowadząc działalność w kierunku ochrony zwierząt „rzadkich i zaginieniu bliskich”, do których zaliczano – oprócz kilku gatunku ptaków, m.in. cietrzewia – także świstaki i kozice w Tatrach. Wprowadzono również rozporządzenia o ochronie ptaków śpiewających oraz zniesiono nagrody za strzelanie do ptaków drapieżnych. Aktywna działalność powodowała wzrost napływu darów przyrodniczych, w związku z czym w grudniu 1865 roku podjęto decyzję o konieczności stworzenia muzeum. W 1870 roku ulokowano je na poddaszu budynku Towarzystwa przy ulicy Sławkowskiej.
W ramach Towarzystwa Naukowego Krakowskiego Komisja Fizjograficzna działała do 1872 roku, później natomiast kontynuowała swoje prace w ramach Akademii Umiejętności.
Dokładne opracowanie działalności Komisji znajduje się V tomie “Studiów i materiałów do dziejów Polskiej Akademii Umiejętności” w redakcji Jerzego Pawłowskiego, pod tytułem: „140 rocznica utworzenia Komisji Fizjograficznej Towarzystwa Naukowego Krakowskiego oraz Akademii Umiejętności i Polskiej Akademii Umiejętności” (Kraków 2008).