Portret Sebastiana Girtlera ze zbiorów Biblioteki Narodowej
Doktorat filozofii uzyskał w 1791 roku na Uniwersytecie Krakowskim, a cztery lata później Uniwersytet Wiedeński przyznał mu tytuł doktora medycyny. Od 1798 związany z Krakowem, pełnił urząd fizyka obwodu krakowskiego i wykładał na tutejszym uniwersytecie chirurgię, medycynę sądową i weterynarię. Podkreślał konieczność rozpowszechnienia wiedzy weterynaryjnej i postulował stworzenie przy katedrze weterynarii placówki doświadczalnej. Dwukrotny dziekan Wydziału Lekarskiego, w latach 1821-1826, w okresie konfliktów politycznych między Senatem Rządzącym a Uniwersytetem, pełnił obowiązki rektorskie w zastępstwie za Walentego Litwińskiego i Józefa Załuskiego. Wybrany na urząd rektora został dopiero w roku 1826. Po wycofaniu się z życia akademickiego w 1831, otrzymał nominację na senatora dożywotniego Rzeczpospolitej Krakowskiej, jednak z powodu reorganizacji struktury władz miejskich zajmował to stanowisko tylko przez dwa lata.
Kto takich miał przyjaciół...
Sebastian Girtler był powiernikiem i przyjacielem Hugona Kołłątaja, reformatora szkolnictwa, oraz Ignacego Potockiego, marszałka wielkiego litewskiego. W marcu 1794 roku umożliwił Kołłątajowi kontakt z przebywającym potajemnie w Krakowie Tadeuszem Kościuszką, a także przekazał Potockiemu list od Naczelnika z wiadomością o ogłoszeniu powstania narodowego. Z oddaniem opiekował się chorym Kołłątajem aż do jego śmierci. Syn Sebastiana, Kazimierz Girtler, wspominał jedną z wizyt Kołłątaja w następujący sposób:
Niezastawszy ojca, zasiadł mówiąc, iż sobie chce wypocząć, już miałem biec do matki, ale mnie zatrzymał mówiąc z uśmiechem Uciekasz ode mnie, a przecież kto twego ojca przyjaciel, toś go powinien kochać. Zbliżyłem się i powiedziałem, iż dlatego chciałem iść po mamę, by mu się nie przykrzyło. To my sobie sami pogadamy, póki mama lub ojciec nie nadejdzie i nuż mie odpytywać, co się uczę, a gdy przyszło do historii polskiej co na tedy było moją mocną stroną, rozgadałem się, że aż wskazując na obraz Stachowicza przedstawiający przysięgę Kościuszki rzekłem Na tym się kończy historia polska. - Jak to na tym? A przecież to już kilkanaście lat od tego czasu, a więc i historia dalej się ciągnie. - Ojciec mówi – przerwałem – że naród żyje i żyć będzie, toteż znowu później uczyć się będą tego, co się teraz dzieje, i to sławna jest historia. - Dobrze mówi ojciec, słuchaj go zawsze i wierz we wszystkim. W samą porę weszła matka, wkrótce ojciec, a ja zyskałem przed nimi pochwały znakomitego człowieka.
Przyjaźń Girtlera z polskimi mężami stanu komentował Fryderyk Skobel, profesor Uniwersytetu Jagiellońskiego:
Kto takich miał przyjaciół, ten zapewne nie był pośledniejszym od nich, a imię Girtlera, związane z imionami mężów, któremi Polska po wieczne czasy chlubić się będzie, nie zginie jak i one w dziejach akademii, miasta i kraju naszego.
