Absolwent uczelni krakowskiej, w 1807 roku otrzymał tytuł doktora medycyny. W latach 1809-1843 objął katedrę historii naturalnej Uniwersytetu Jagiellońskiego, a także funkcję dyrektora uniwersyteckiego ogrodu botanicznego, który pod jego opieką znacznie się rozwinął i wzbogacił o cenne kolekcje nasion i roślin szklarniowych. Estreicher często sprowadzał okazy z zagranicy. Dla poszerzenia wiedzy odbywał liczne podróże i nawiązywał kontakty z wybitnymi przyrodnikami ówczesnej Europy. Znany i ceniony w środowisku, został przyjęty na członka wielu towarzystw naukowych i przyrodniczych m.in. w Anglii, Belgii, Holandii i Czechach. Zasługą Estreichera jest także wyodrębnienie Gabinetu Zoologicznego ze zbiorów Gabinetu Historii Naturalnej UJ. Wielokrotnie wybierany dziekanem Wydziału Filozoficznego, od 1831 do 1833 pełnił urząd rektora Uniwersytetu. Za swojej kadencji starał się chronić przed represjami studentów biorących udział w powstaniu listopadowym. W 1826 roku został mianowany senatorem Rzeczpospolitej Krakowskiej.
Carabus Estreicheri
Twórca uniwersyteckiego Ogrodu Botanicznego ze szczególnym zamiłowaniem oddawał się studiom nad entomologią. Tym działem zoologii zajmował się amatorsko już jego ojciec – Dominik Oesterreicher, malarz przybyły do Krakowa z Austrii. Alojzy Estreicher zgromadził pokaźny zbiór (około 30 000 okazów), imponujący zielnik (około 8 000 roślin) oraz bogatą kolekcję minerałów (5 000 okazów); Hieronim Ciechanowski, pamiętnikarz krakowski, pisał o nim:
Znane są światu uczonemu jego zbiory owadów tak kompletne, że nawet zbiory w gabinetach uniwersytetu paryskiego w porównaniu z tymi zbiorami są jeszcze niedokładne.Nazwiskiem Estreichera, jako Carabus Estreicheri, został nazwany gatunek szczypawki, odkryty przez niego w lesie Sikornik koło Krakowa. Fryderyk Hechel, profesor Uniwersytetu Jagiellońskiego, pozytywnie oceniał również pracę dydaktyczną Estreichera:
człowiek wprawdzie innymi urzędami i powinowactwem z wielu familiami krakowskimi od mozolnego nad naukami ślęczenia oderwany, ale zawsze do rzędu lepszych profesorów policzonym być powinien; niezmierną bowiem pamięcią i łatwością tłumaczenia się od przyrody udarowany, lekcje swoje, jeśli nie ze wszelką akuratnością i ścisłością naukową, to pewno z przyjemną płynnością niepoślednim dla uczniów pożytkiem wykładał.