Gdy bowiem traktatem dodatkowym w Wiedniu z d. 3. Maja 1815 r. zawarowanym został byt Wolnego Miasta Krakowa, grono ówczesnych profesorów uznało potrzebę zawiązania Towarzystwa naukowego, na wzór istniejącego już dawniej Towarzystwa przyjaciół nauk w Warszawie. Projekt w tej myśli wniesiony na Radę rektorską w d. 24 Lipca 1815 r. stał się pierwszą ustawą Towarzystwa, ściśle wówczas złączonego z Uniwersytetem. Otwarcie czynności nastąpiło w d. 25 Lutego 1816 r. przez odbyte w tym celu posiedzenie publiczne.