Po uzyskaniu doktoratu z medycyny na Uniwersytecie Wiedeńskim w 1817 roku, przez pięć lat pracował jako lekarz w Wiedniu. Od 1823 profesor Uniwersytetu Jagiellońskiego, wykładał nieprzerwanie do roku 1850. Przyczynił się w sposób szczególny do reorganizacji a następnie rozkwitu uniwersyteckiej kliniki lekarskiej. W latach 1833-37 dziekan Wydziału Lekarskiego, trzykrotnie wybierany rektorem. Jednocześnie między rokiem 1840 a 1849 pełnił urząd komisarza Zakładów Naukowych Wolnego Miasta Krakowa. Swój bogaty księgozbiór oraz kolekcję rycin zapisał Bibliotece Jagiellońskiej. Autor: Ważniejsze dokumenta odnoszące się do swojego udziału w sprawach i losach b. WM Krakowa i jego okręgu.
Oryginalne metody oryginała
Józef Brodowicz kierując katedrą uniwersytecką okazał się zdolnym reformatorem, porządkując m.in. system nauczania medycyny. Nic więc dziwnego, że pamiętnikarz Fryderyk Hechel pisał o nim:
(…) mąż ten, jakkolwiek młody wówczas i nieznajomy jeszcze, nie tylko nie był miejsca tego niegodnym, ale owszem, już w parę lat dał się publiczności krakowskiej i młodzieży uczącej się jako dobry lekarz i nauczyciel poznać i stał się ówczesnemu składowi wydziału lekarskiego prawdziwą ozdobą i wzorem pracowitości i porządku, a stąd też celem nienawiści i prześladowań.
Do znacznych osiągnięć Macieja Józefa Brodowicza należało przeniesienie w 1827 r. kliniki lekarskiej ze Szpitala Św. Łazarza do budynku przy ul. Kopernika 7. Wprowadził do nauczania klinicznego wzorce kliniki wiedeńskiej, według których studenci musieli pod okiem asystenta prowadzić obserwacje i leczenie przynajmniej dwóch pacjentów. Opisy choroby i przebieg kuracji spisywano na bieżąco w czystopisach oraz – w wypadku chorych „nadobowiązkowych” – w brudnopisach. Powstał tym sposobem pokaźny zbiór historii chorób obejmujący cztery i pół tysiąca egzemplarzy. Świetnie zorganizowana klinika stała się podwaliną dla późniejszego rozkwitu krakowskiej medycyny.
Wśród pozazawodowych pasji Brodowicza, warto odnotować jego zainteresowania literackie poezją. Był autorem zabawnych wierszy, które wydał w zbiorze pt. „Kwiatki polne”. W środowisku naukowym cieszył się autorytetem lekarskim. Praktyka zapewniała mu koneksje. Nadto przylgnęła do niego opinia wyjątkowego oryginała. Barwna osobowość stała się przedmiotem licznych anegdot. Jego dziwactwa najlepiej obrazują wytyczne dotyczące własnego pogrzebu. Domagał się, by pochowano go w koszuli uszytej przez matkę oraz w mundurze urzędnika Wolnego Miasta Krakowa, do trumny, przechowywanej we własnym domu, żądał włożenia listów od najbliższych oraz ulubionego, wypchanego kanarka. W przeddzień śmierci przesłał kilku znajomym bileciki pożegnalne. Swoja prezesurę w Towarzystwie Naukowym Krakowskim zaczął od wystąpienia: Rzut oka na stan ogólny Towarzystwa Naukowego z Uniwersytetem Jagiellońskim połączonego, w którym przedstawił jego obraz z lat 1816-1839. Pełniona przez Brodowicza funkcja komisarza ograniczała szybkość koniecznych zmian organizacyjnych. Długo wyczekiwany statut, nad którym prace rozpoczęto jeszcze w latach 30., powstał w 1840 roku (zatwierdzony 14 lipca 1841r.) – nie spełnił pokładanych w nim nadziei. Po upływie ustawowych sześciu lat przystąpiono do jego rewizji.